Оновлена таксономія вірусів: чому SARS-CoV-2 став Betacoronavirus pandemicum?

Хоча робота з «переформатування» номенклатури вірусів проводилася довгі чотири роки, з 2016 по 2020-й, це ноу-хау привернуло до себе увагу лише у грудні 2024-го, коли американський Національний центр біотехнологічної інформації (National Center for Biotechnology Information — NCBI) заявив, що найближчими місяцями додасть до своєї бази даних близько 3000 нових назв вірусів. У цьому анонсі також вказувалося, що NCBI приймає нову систему таксономії вірусів, запроваджену ICTV протягом останніх кількох років.

Трансформації у вірусній номенклатурі очікувано спричинили бурхливу дискусію серед науковців.

Аргументи на користь: розгалуження віросфери

Хоча вчені вже розподілили віруси за родинами та родами, ця узгодженість порушується на рівні видів: їх називають на честь хвороби, наприклад SARS-CoV-2; організму, який вони інфікують, наприклад, вірус східного енцефаліту коней; або місця, де вони були вперше виявлені, як-от Зіка (ліс в Уганді). Дехто вважав таку практику стигматизуючою (спойлер: у новій номенклатурі ICTV збережено «образливу» назву Orthopoxvirus monkeypox).

Втім, справа більше у практичності: стара система була працездатною, коли відомі науці віруси обчислювалися сотнями або тисячами. Проте оскільки геномні методи тепер ідентифікують тисячі нових вірусів в масштабах одного дослідження, науковці потребують нової стандартизованої системи, котра полегшуватиме обмін інформації між вченими, не плутаючи їх.

Згідно з поясненням ICTV, система найменувань вірусів гостро потребувала перегляду, оскільки сучасні інструменти, такі як секвенування геному, дали нам змогу ідентифікувати тисячі вірусів, тому науковці потребували стандартизованої системи класифікації.

Це спонукало експертів з ICTV привести віруси у відповідність до решти форм життя, тож комітетом була прийнята біномінальна система Ліннея, оскільки вона допомагає позбутися «накопиченої маси неузгоджених назв вірусів». Також нова структура таксономії вірусів була розширена з метою систематизації далеких еволюційних звʼязків організмів, які раніше в цій системі не враховувалися, тож таксонів у вірусній номенклатурі дещо побільшало.

Ось де перебуває ВІЛ-1 у новій номенклатурі ICTV, згідно з якою цей збудник, раніше відомий як Human immunodeficiency virus 1, тепер називається «Lentivirus humimdef1»:

• Ареал – Riboviria
• Царство – Pararnavirae
• Філум — Artverviricota
• Клас – Revtraviricetes
• Родина – Retroviridae
• Підродина – Orthoretrovirinae
• Рід – Lentivirus
• Біологічний вид – Lentivirus humimdef1

До сьогодні вірусологи просто не мали достатньо інформації, щоб прийняти систему Ліннея. Але тепер, як стверджують в ICTV, новий порядок приводить вірусологію у відповідність до решти розділів біології та спрощує вченим життя.

«Вірусну таксономію необхідно було революціонізувати з тієї простої причини, що сама вірусологія переживає революцію», — впевнені в ICTV.

Критика та ігнор: плутанина неминуча

Деякі експерти скептично поставилися до нових формулювань (і аргументів) ICTV. Наприклад, у відповідь на ці новації в журналі Science була опублікована стаття «Нерозумно і бундючно: офіційні нові назви вірусів викликали обурення дослідників».

«Довші латинські назви, які не мають нічого спільного з тим, що ми нині використовуємо для цих патогенів, здаються просто відволікаючими факторами, які не служать нікому, крім систематиків, які їх вигадують. Називати ВІЛ Lentivirus humimdef1– це не те, що я робитиму найближчим часом або взагалі коли-небудь», – наводить журнал реакцію лікарки-науковиці Богуми Титанджі з Університету Еморі, яка спеціалізується на вивченні вірусу імунодефіциту людини.

У відповідь на цю статтю члени ICTV написали до Science листа, заявивши, що вчені можуть продовжувати використовувати старі імена, котрими вони послуговувалися десятиліттями, як то вірус імунодефіциту людини типу 1 (ВІЛ-1), вірус Денге (DENV) та вірус Західного Нілу (WNV).

«Але ці види мають таксономічні назви: Lentivirus humimdef 1, Orthoflavivirus denguei і Orthoflavivirus nilense відповідно», – наполягають у комітеті.

Та все ж твердження про комфортність нової таксономії вірусів залишається під питанням: організаторам нового порядку не вдалося уникнути плутанини. Бази даних NCBI наразі містять лише старі імена, тоді як база даних ICTV видає в пошуку нові. На цей момент, щоб побачити старі та нові назви видів для порівняння, дослідники можуть завантажити з сайту ICTV не надто зручні для перегляду таблиці Excel. В організації визнають, що це «не ідеальне рішення», але обіцяють незабаром покращити функцію пошуку.

Втім, разом з технологічним прогресом віросфера буде тільки збільшуватися, тож кожне нове відкриття загрожуватиме нам новими номенклатурними метаморфозами…