Обновленная таксономия вирусов: почему SARS-CoV-2 превратился в Betacoronavirus pandemicum?

Хотя работа по «переформатированию» номенклатуры вирусов проводилась долгие четыре года, с 2016 по 2020-й, это ноу-хау привлекло к себе внимание только в декабре 2024 года, когда американский Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) заявил, что в ближайшие месяцы добавит в свою базу данных около 3000 новых наименований вирусов. В этом анонсе также указывалось, что NCBI принимает новую систему таксономии вирусов, внедряемую ICTV последние несколько лет.

Трансформации в вирусной номенклатуре вызвали бурную дискуссию среди ученых.

Аргументы в пользу: ветвление виросферы

Хотя ученые уже распределили вирусы по семьям и родам, эта согласованность нарушается на уровне видов: их называют в честь болезни, например SARS-CoV-2; организма, который они инфицируют, например вирус восточного энцефалита лошадей; или места, где они были впервые обнаружены, например Зика (лес в Уганде). Некоторые считали такую практику стигматизирующей (спойлер: в новой номенклатуре ICTV сохранено «обидное» название Orthopoxvirus monkeypox).

Впрочем, дело больше в практичности: старая система была работоспособной, когда известные науке вирусы исчислялись сотнями или тысячами. Однако поскольку геномные методы теперь идентифицируют тысячи новых вирусов в масштабах одного исследования, ученые нуждаются в новой стандартизированной системе, которая будет облегчать обмен информации между учеными, не путая их.

Согласно объяснению ICTV, система наименований вирусов остро нуждалась в пересмотре, поскольку современные инструменты, такие как секвенирование генома, позволили нам идентифицировать тысячи вирусов, поэтому ученые нуждались в стандартизированной системе классификации.

Это побудило экспертов по ICTV привести вирусы в соответствие с остальными формами жизни, поэтому комитетом была принята биноминальная система Линнея, поскольку она помогает избавиться от «накопленной массы несогласованных названий вирусов». Также новая структура таксономии вирусов была расширена с целью систематизации далеких эволюционных связей организмов, которые ранее в этой системе не учитывались, поэтому таксонов в вирусной номенклатуре несколько увеличилось.

Вот где находится ВИЧ-1 в новой номенклатуре ICTV, согласно которой этот возбудитель, ранее известный как Human immunodeficiency virus 1, теперь называется «Lentivirus humimdef1»:

• Ареал – Riboviria
• Царство – Pararnavirae
• Филум — Artverviricota
• Класс – Revtraviricetes
• Семья – Retroviridae
• Подсемейство – Orthoretrovirinae
• Род – Lentivirus
• Биологический вид – Lentivirus humimdef1

До сегодняшнего дня вирусологи просто не имели достаточно информации, чтобы принять систему Линнея. Но теперь, как утверждают в ICTV, новый порядок приводит вирусологию в соответствие с остальными разделами биологии и упрощает ученым жизнь.

«Вирусную таксономию необходимо было революционизировать по той простой причине, что сама вирусология переживает революцию», – уверены в ICTV.

Критика и игнор: путаница неизбежна

Некоторые эксперты скептически отнеслись к новым формулировкам (и аргументам) ICTV. Например, в ответ на эти новации в журнале Science была опубликована статья «Глупо и напыщенно: официальные новые названия вирусов вызвали возмущение исследователей».

«Длинные латинские названия, не имеющие ничего общего с тем, что мы сейчас используем для этих патогенов, кажутся просто отвлекающими факторами, которые не служат никому, кроме придумывающих их систематиков. Называть ВИЧ Lentivirus humimdef1 – это не то, что я буду делать в ближайшее время или вообще когда-либо», – приводит журнал реакцию врача-ученой Богумы Титанджи из Университета Эмори, специализирующейся на изучении вируса иммунодефицита человека.

В ответ на эту статью члены ICTV написали в Science письмо, заявив, что ученые могут продолжать использовать старые имена, которыми они использовали десятилетия, как вирус иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1), вирус Денге (DENV) и вирус Западного Нила ( WNV).

«Но эти виды имеют таксономические названия: Lentivirus humimdef 1, Orthoflavivirus denguei и Orthoflavivirus nilense соответственно», – настаивают в комитете.

И все же утверждение о комфортности новой таксономии вирусов остается под вопросом: организаторам нового порядка не удалось избежать неразберихи. Базы данных NCBI теперь содержат только старые имена, в то время как база данных ICTV выдает в поиске новые. На данный момент, чтобы увидеть старые и новые названия видов для сравнения, исследователи могут скачать с сайта ICTV не слишком удобные для просмотра таблицы Excel. В организации признают, что это не идеальное решение, но обещают вскоре улучшить функцию поиска.

Впрочем, вместе с технологическим прогрессом виросфера будет только увеличиваться, так что каждое новое открытие будет угрожать нам новыми номенклатурными метаморфозами…